Grippe aviaire chez les bovins (partie 2) – L’infection présumée est une erreur technique

Source : TKP.at, Siguna Müller, Ph.D., 13 mai 2024

Dans la partie 2 de cette série, je reviendrai plus en détail sur les préoccupations exprimées dans la partie 1. Une nouvelle prépublication sur ce sujet, que j’ai soumise le 10 mai, vient d’être acceptée par OSFPreprints.

Voici le résumé de« Bird Flu in Cattle – Strong Evidence the Alleged Infection is a Technical Falsehood« :

Des rapports récents faisant état d’infections par la grippe aviaire chez des bovins aux États-Unis, ont fait craindre que le lait ou la viande (non pasteurisés) des animaux touchés ne soient impropres à la consommation et que le virus n’évolue, ne se propage à l’homme et ne provoque une nouvelle pandémie majeure avec un taux de mortalité beaucoup plus élevé que celui du COVID-19. L’identification de l’infection par le virus chez les bovins sur la base de tests PCR dans des cas bénins ou asymptomatiques soulève des questions similaires à celles de la pandémie de COVID-19. Entre-temps, le ministère américain de l’agriculture a publié les données génétiques du virus de la grippe aviaire, qui semble avoir été isolé chez de nombreux hôtes tels que les oiseaux, les bovins et d’autres mammifères.

Cet article propose une analyse indépendante de ce que l’on entend par « cas positifs » et présence « confirmée » du virus. En particulier, un examen plus approfondi de l’analyse génétique révèle plusieurs lacunes similaires à celles qui n’ont été découvertes que récemment à l’aide de protocoles de séquençage du génome entier, et qui restent en grande partie inexpliquées. L’infection du bétail pose un défi supplémentaire en raison des fragments de génomes viraux environnementaux auxquels ces animaux sont constamment exposés. Le problème de la contamination par des fragments de gènes hors cible dans le séquençage du génome entier a été largement sous-estimé, même dans des contextes beaucoup plus simples tels que le séquençage d’isolats bactériens. La nature de la contamination dans le contexte du H5N1 et du bétail est plus complexe, n’a apparemment jamais été prise en compte et semble techniquement difficile à résoudre, si tant est qu’elle soit possible.

Combiné à plusieurs autres considérations, cela suggère fortement que les cas positifs présumés confirmés sont simplement le résultat d’une erreur technique. Les données génomiques accessibles au public à partir des WGS sont susceptibles d’être fortement biaisées et affecteront donc toutes les analyses en aval. L’article se termine par des recommandations visant à restaurer la confiance du public dans les autorités sanitaires et leurs recommandations.

Pour l’essentiel, je n’ai pas trouvé d’argument convaincant pour prouver que les bovins sont infectés par un virus vivant. Jusqu’à présent, la présence présumée du virus chez des vaches qui ne présentent pas de symptômes spécifiques repose en grande partie sur (1) des routines PCR avec des niveaux de CT dans les années 30 (jusqu’à 40 échantillons sont considérés comme positifs) et (2) des informations génétiques.

Dans la prépublication, je soutiens que les routines génétiques sont susceptibles de contenir des erreurs substantielles. Ceci est basé sur l’observation suivante.

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