« Créer quelque chose à partir de rien » : Tests PCR, valeurs CT et faux positifs. Un commentaire sur l’efficacité du test RT-PCR au regard de l’article de Jaafar.

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par Niels Harrit PhD

RÉSUMÉ : Si l’inoculation peut être utilisée comme vérification du test RT-PCR de Corman-Drosten pour le Covid-19, environ 50 % des résultats positifs rapportés doivent être considérés comme faux lorsqu’un maximum de 35 cycles est appliqué. Si seulement 25 cycles sont appliqués, la fraction de faux positifs tombe à 20 %.

L’efficacité du test RT-PCR utilisé pour identifier l’infection par le virus SARS-CoV-2 et les « cas » de la maladie Covid-19 est largement contestée. Dans ces discussions, il est souvent affirmé que le test produit 97% de faux positifs. Pour étayer cette affirmation, on se réfère à une étude réalisée par un groupe basé à Marseille qui a communiqué ses résultats dans une lettre à l’éditeur le 28 septembre 2020.

Le premier auteur étant R. Jaafar, l’étude est appelée « article Jaafar ». Y est présenté un ensemble élargi de données par rapport à une étude antérieure menée par B. La Scola et dénommée « article de La Scola ».

En résumé, les résultats présentés dans l’article de Jaafar ne constituent pas une preuve autonome que le test produit 97 % de faux positifs. Le présent article est une tentative de distiller les conclusions essentielles de leurs travaux.

Dans le domaine semi-public, le fait que l’abréviation « RT-PCR » soit parfois désignée par l’expression « Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction » (réaction en chaîne de la transcriptase inverse), alors que dans d’autres cas, on peut la voir expliquée par l’expression « Real Time PCR » (PCR en temps réel), prête à confusion.

Les deux sont exactes. Il s’agit de la RT-PCR en temps réel.

L’enzyme transcriptase inverse s’attaque aux fragments d’ARN simple brin présents dans l’écouvillon et les convertit en ADN double brin en une série d’étapes. Ensuite, l’enzyme polymérase commence à faire des copies de l’ADN sélectionné. La sélection est déterminée par une paire d’amorces qui sont nécessaires pour lancer le processus.

La réplication se produit par cycles. Chaque cycle commence par le chauffage de l’échantillon afin de séparer la double hélice d’ADN en deux brins d’ADN libres. Ceux-ci servent de modèles à la polymérase pour produire des brins complémentaires de chacun des éléments constitutifs présents dans la soupe. En refroidissant, les brins se recombinent. Le cycle est terminé. Le résultat est un doublement du nombre de molécules d’ADN présentes avant le cycle.

Pendant la production, l’ADN est marqué par une molécule de sondage qui n’est fluorescente que lorsqu’elle est incorporée à l’ADN. Ainsi, l’échantillon émet une lumière visible lorsqu’il est irradié par un petit laser. L’intensité de la fluorescence est enregistrée pour chaque cycle de la PCR afin de mesurer la quantité d’ADN produite. C’est là que le temps réel entre en jeu. Lorsqu’un niveau prédéterminé est atteint, le processus de multiplication est arrêté et le test est qualifié de « positif ».

Le nombre de cycles nécessaires pour produire le niveau critique de fluorescence est appelé le seuil de cycle, Ct, qui est une caractéristique de chaque échantillon. Évidemment, si le processus commence avec un grand nombre de fragments d’ARN, le seuil d’intensité de fluorescence est atteint rapidement et le Ct est faible. Si la charge initiale n’est constituée que de quelques molécules d’ARN, voire d’un seul fragment, il faut parfois de nombreux cycles pour obtenir le signal de fluorescence critique.

Cela signifie que la valeur Ct a le potentiel de fournir une mesure quantitative de la charge virale de toute personne. Cela peut être pratique si vous voulez une mesure quantitative de votre état à un moment donné.

Une conversation du future pourrait se dérouler comme suit :

« Comment allez-vous ? »

« Je suis allé au centre de test. Ils m’ont dit que je me sentais bien. J’ai un Ct de 42 aujourd’hui. »

Comme on le comprendra en lisant ce qui suit, cet échange peut impliquer que la personne n°2 a eu un rhume l’automne dernier mais aucun symptôme clinique aujourd’hui.
Tous les échantillons sont positifs si l’on applique 60 cycles, car « la PCR crée quelque chose à partir de rien », comme l’a dit un jour Kary Mullis, l’inventeur de la technologie PCR, lauréat du prix Nobel.

Si ce n’est qu’une question de cycles avant que le test ne soit positif, nous devons tous avoir dans notre organisme des fragments d’ADN et/ou d’ARN – étrangers ou domestiques – qui sont ciblés par les amorces utilisées actuellement. À des valeurs Ct élevées, on finit par amplifier le « bruit de fond moléculaire » des fragments génétiques bénins.

Nous avons tous un scanner en permanence !

L’article de Jaafar est une contribution à l’importante discussion sur l’utilité thérapeutique de la méthodologie PCR. Plus précisément : « Quel est le point de basculement pour le Ct en dessous duquel une PCR fournit un test significatif pour le Covid-19 et au-dessus duquel elle n’est pas significative » ?

Depuis le début de l’épidémie de Covid-19 jusqu’à la recherche faisant l’objet de ladite publication, l’institut de Marseille a effectué 250 566 tests de dépistage du SRAS-CoV-2 pour 179 151 patients.

Parmi ceux-ci, 13 161 ont été testés positifs dans les 35 cycles de la RT-PCR. Cela représente 7,3 %.

Parmi ces échantillons positifs, 3 790 ont été inoculés et gérés pour culture. Le processus d’inoculation est plus ou moins décrit dans l’article de La Scola2.

Ils écrivent que « 0,5 ml de liquide d’écouvillonnage a été centrifugé et inoculé sur des cellules VERO (lignée de cellules rénales de singe) et observé pour l’effet cytopathogène » – dans un nombre de jours non divulgué.

Autrement dit, les cellules sont-elles mortes et se sont-elles désintégrées ? Cette observation doit avoir été faite sous un microscope optique. S’ils ont observé la mort des cellules, un échantillon liquide a été prélevé dans le flacon et traité en conséquence pour être observé dans un microscope électronique à balayage.

Les auteurs appellent cela « Détection présomptive du virus dans le surnageant montrant un effet cytopathogène ».

En traduction, cela signifie : « Si nous voyons les cellules de singe mourir et se désintégrer au microscope optique, nous emmenons l’échantillon au microscope électronique et nous pensons que ce que nous y voyons doit être le virus. »

Cependant, aucune image de microscope électronique n’a été fournie.

La présence du virus est ensuite « confirmée » par une RT-PCR sur ledit liquide. Très important, les valeurs Ct de ces RT-PCR effectuées sur les échantillons soumis à la microscopie électronique ne sont pas fournies. Si l’ADN/ARN sélectionné par les amorces avant et après l’inoculation ciblait le même virus, ces derniers Ct devraient être sensiblement inférieurs aux Ct obtenus à partir des écouvillons bruts.

Si ce n’est pas le cas, nous ne savons pas vraiment pourquoi les cellules sont mortes.

Mais supposons pour l’instant que la mort cellulaire est un critère de réussite de l’inoculation et que les morts sont causées par le même virus que celui quantifié dans le test RT-PCR.

Ainsi, Jaafar et al. rapportent que l’inoculation a réussi dans 1941 cas sur les 3790 PCR-positifs gérés pour la culture.
Cela nous conduit à l’évaluation immédiate que 49% des tests PCR positifs ont pu être faux dans le sens où la charge virale du patient devait être insignifiante.

La question de savoir si les 51 % d’échantillons inoculés avec succès représentent un diagnostic positif pour la maladie appelée Covid-19 dépend de la question de savoir si le SRAS-CoV-2 est vraiment une entité singulière et s’il a été isolé et démontré qu’il est l’agent pathogène de la maladie.

Dans cette évaluation, nous réservons donc le terme  » positif  » à un échantillon atteignant le seuil critique de fluorescence. Les « positifs » comprennent les échantillons inoculables et les échantillons non inoculables (qui sont des faux positifs).

Les données de l’article de Jaafar sont reproduites dans la figure 1. Elle montre la répartition entre les échantillons inoculables et non inoculables pour chaque groupe de Ct, allant de 11 (Ct11) à 37 (Ct37) cycles.

Certes, les inoculables ne représentent que 3% du groupe Ct35. Mais comme il n’y avait que 74 échantillons à prélever aussi loin, cela ne signifie pas que le test RT-PCR produit 97 % de faux positifs dans l’ensemble. Le tableau est plus diversifié.

Figure 1. D’après Jaafar et al. montre les échantillons inoculables (marron) et non inoculables (gris) pour chaque Ct.

Les mêmes données sont affichées de manière plus traditionnelle dans la figure 2.

 

Figure 2. Mêmes données que la figure 1, affichées de manière traditionnelle. La ligne noire représente le nombre d’échantillons soumis à la culture cellulaire pour chaque groupe Ct.

Nous cherchons une réponse à la question : Combien de cycles doivent être standards si nous voulons que 80% des positifs représentent un échantillon inoculable ?

Figure 3. Gauche : Intégration des courbes #inculables et #non-inoculables de la figure 2. C’est-à-dire la somme des inoculables et des non-inoculables, respectivement, enregistrés jusqu’à un Ct donné. A droite : Idem, en pourcentage de la somme des échantillons cultivés au Ct.

Dans la figure 3 (à gauche), le nombre d’inoculables et de non-inoculables, respectivement, est additionné à la valeur Ct. C’est-à-dire que les courbes de la figure 2 sont intégrées.

Dans la figure 3 (droite), les mêmes données sont affichées en pourcentage du nombre total d’échantillons cultivés jusqu’à ce Ct.

On voit qu’à Ct25, 80% des échantillons qualifiés de « positifs » par le test RT-PCR seront inoculables. Cependant, 20 % des « positifs » seront faux, si l’inoculation est un critère d’efficacité de la RT-PCR. Certains peuvent trouver que c’est un compromis équitable.

Donc, si 1) il existe un virus unique du SRAS-CoV-2, si 2) ce virus provoque des symptômes respiratoires graves, si 3) le virus est inoculable dans les cellules VERO, si 4) les cellules VERO sont une représentation valide du virus humain, et si 5) le test de Corman-Drosten détecte réellement le SRAS-CoV-2 de manière spécifique, il PEUT être avantageux pour un médecin dans un environnement clinique avec un patient présentant des symptômes respiratoires graves de réaliser une RT-PCR jusqu’à Ct = 25 comme test supplémentaire.

C’est un peu tiré par les cheveux, n’est-ce pas ?

Tout se résume en fait aux amorces, à leur spécificité et à leur applicabilité à de faibles concentrations. Comment peuvent-elles cibler un virus mortel du SRAS-CoV-2 alors que son existence même reste à démontrer ? De plus, les séquences des différentes amorces utilisées ne se trouvent pas seulement dans une centaine de bactéries, mais sont également abondantes dans le génome humain.

L’appariement de deux brins d’ADN – l’hybridation – n’a pas besoin d’être parfait pour se produire. Si les deux brins ne sont complémentaires qu’à 80 %, par exemple, la constante de liaison sera réduite. Mais l’hybridation se produit néanmoins. Lorsqu’une concentration largement exagérée d’amorces est utilisée dans le test standard de Corman-Drosten, elle est délibérément liée pour capter d’autres ADN flottant autour, qu’ils aient été produits par la transcriptase inverse ou non.

Un test RT-PCR effectué au CT25

Quel résultat peut-on attendre si le test de Corman-Drosten détecte effectivement un virus appelé SARS-CoV-2 et s’il est effectué à 25 cycles maximum ?

Figure 4. Gauche : Somme des positifs RT-PCR gérés pour la culture jusqu’au groupe Ct (intégration de la ligne noire dans la figure 2). Droite : Mêmes données affichées en % de la somme totale des positifs gérés pour la culture (3790).

Observez dans la figure 4 (à gauche) comment le nombre total d’échantillons cultivés augmente de façon partiellement linéaire avec le nombre de cycles. Ceci est en accord avec l’idée que le nombre d’échantillons cultivés par groupe Ct atteint un plateau au-delà de Ct ~ 20 (figure 2) mais n’est remarquable que si la sélection des échantillons soumis à la culture était aléatoire.

De ce sous-groupe (3790) soumis à la culture – sélectionné parmi ceux qui ont été qualifiés de positifs par le test RT-PCR dans les 35 cycles – seuls 1813 auraient été enregistrés comme positifs si seulement 25 cycles avaient été appliqués (figure 4, gauche), ce qui correspond à 48% du sous-groupe (figure 4, droite).

Puisque 7,3 % ont été testés positifs par RT-PCR dans les 35 cycles, on peut s’attendre à ce que 7,3 x 0,48 = 3,5 % soient retournés comme positifs si le nombre de cycles est limité à 25.

Parmi ceux-ci, 2,8% peuvent être dignes de confiance (80% selon l’inoculation) tandis que 0,7% peuvent être des faux positifs – SI l’inoculation est un moyen valide de confirmation et que toutes les autres conditions sont remplies !

Remarque finale

Être malade, c’est avoir des symptômes. Si vous n’êtes pas malade, vous n’êtes pas contagieux. Autrefois, le bon sens voulait que l’on soit en bonne santé à moins d’être malade.

Avec la prétendue pandémie Covid-19, le bon sens n’est plus de mise. Désormais, vous êtes malade jusqu’à ce qu’il soit prouvé que vous êtes en bonne santé, et vous êtes contagieux par défaut. Le véhicule de cette escroquerie est le test RT-PCR effectué à plus de 35 cycles et au-delà. Arrêtez donc de tester et vous survivrez.

 


Niels Harrit est professeur associé de chimie (retraité) à l’université de Copenhague. Il est le premier auteur de l’article révolutionnaire intitulé Active Thermitic Material Discovered in Dust from the 9/11 World Trade Center Catastrophe (Matière thermitique active découverte dans la poussière de la catastrophe du World Trade Center du 11 septembre 2001).


 

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